在与雅虎合作后第二年，阿里巴巴集团启动了上市准备工作。2006年9月，阿里巴巴在开曼群岛和英属维尔京群岛分别注册成立Alibaba.com Limited(下称“开曼公司”)和Alibaba.com Investment Holding Limited(下称“投资公司”)，开曼公司作为上市主体，100%控股投资公司。
随后在2006年年底前，Alibaba.com China Limited(下称“中国阿里巴巴”)和杭州阿里巴巴广告有限公司(下称“杭州阿里巴巴”)分别在香港和内地注册成立。中国阿里巴巴全权控股了境内公司，而杭州阿里巴巴则作为与阿里巴巴网络科技订有架构合约的经营中国交易市场的平台存在(详见后架构合约)。
2007年1月起，投资公司先后将阿里巴巴集团相关子公司收购至旗下，其中包括代价2500万元的Alibaba.com， Inc.以及并无实际资产的Alibaba.com Taiwan Holding Limited、Alibaba.com Japan Investment Holding Limited和香港阿里巴巴三个控股公司。
而中国阿里巴巴一方面收归了Inter Network Technology Limited(主要资产为阿里巴巴网络科技上海公司)、北京新雅在线信息技术有限公司两家控股公司，另一方面则分别以1.08亿元、4670万元收购了阿里巴巴网络技术、阿里软件全部股权。
阿里巴巴网络技术成立于1999年9月，负责为公司的用户和付费会员提供软件及技术服务，以及为杭州阿里巴巴、阿里巴巴香港提供交易市场网站的技术支持；阿里软件成立于2004年，拥有着公司业务所使用的诚信通软件，两者均为阿里巴巴在境内的主要营运公司。
阿里巴巴集团B2B业务的一部分核心资产被香港阿里巴巴收购，价格为2.343亿元，香港阿里巴巴成为经营阿里巴巴国际交易市场网站的营运公司。另一部分B2B资产则被杭州阿里巴巴仅以10万元的价格获得，杭州阿里巴巴成为经营阿里巴巴中国交易市场网站的营运公司。
这里涉及到杭州阿里巴巴与阿里巴巴网络科技订立的一份架构合约。由于国内法规限制外商在中国投资提供增值电讯服务(包括提供互联网信息服务的业务)，作为外资企业的阿里巴巴网络科技通过杭州阿里巴巴来经营中国交易市场的网站。杭州阿里巴巴由马云和谢世煌分别持有80%及20%权益，由开曼公司承担经济风险，列入合并报表范围，实质上等同于上市公司的全资附属公司。至2007年7月下旬，公司架构重组完成，并先后向阿里巴巴集团支付了4.14亿元。
7月底，开曼公司向联交所递交了上市申请。10月12日，作为上市主体，开曼公司进行了股本变换：原法定股本由5万美元(5万股)增至80万港元(80亿股)，已发行股本由1美元增至48.25万港元(48.25亿股)。
对于分拆上市问题，卫哲对《证券市场周刊》表示：“第一，从客户利益价值最大化来考虑，只有目前B2B的客户最需要实现这么一次国际化提升；第二，从投资角度来说，将不同类型的互联网公司分拆上市而非整体打包，可能更符合投资者的需求。”
更重要的是，分拆上市可以弱化雅虎、软银对阿里巴巴集团各公司业务的约束力。马云曾对阿里巴巴集团架构模式的改变做出表态：阿里巴巴集团原来只有一个董事会，如果一个投资者的脑袋坏了，就全坏了，风险较大；分成5家各有独立董事会的公司，基本上摆脱了某一天被某家投资方控制的风险。
阿里巴巴 员工持股典范
“‘客户第一’和‘团队合作’是我们企业价值观中最根本的两点。在公司里，员工就是我们的客户，我们相信大约有100名员工会因为公司上市而一下非常富有。”
在阿里巴巴公司位于杭州办公地点的走廊上，员工们自发地挂起了一幅红底白字的标语：“阿里发发，一发再发”。
随着阿里巴巴公司的上市，财富效应不仅覆盖那些风险投资者，也波及到了不少阿里巴巴集团的员工们。“就这十几年数据来看，任何一家科技公司上市前，都没有像阿里巴巴这样拥有如此多的员工持股。”阿里巴巴公司CEO卫哲表示。阿里巴巴的招股书显示，大约4900名员工享有集团的期权(包括集团董事)，而截至2006年12月31日，阿里巴巴集团正式员工总人数为5000多人。
实际上，在创业8年里，阿里巴巴集团股权已随同工资、奖金和福利一起，成为了阿里巴巴集团员工待遇的一部分。“从阿里巴巴集团创立第一天起，马云就建立了一个共享机制。所有最终成果，都由股东和员工一起分享。”阿里巴巴集团创始人之一金健杭说，“但是一开始，很多员工对公司许诺的原始股并不以为然，毕竟在那时看来，上市还是一件过于遥远的事情。”
很多人未曾想到当初忽视的“股权激励”会令自己一夜暴富。在阿里巴巴公司的全球路演时，马云称履行这份承诺正是其上市的最大动因。按照当年的股权奖励计划，阿里巴巴集团的股权被分成购股权与受限制股份单位两类股权授予员工，购股权的持有者须支付既定的行使价来换得公司的股份，而受限制股份单位持有者仅须支付股份面值。
在阿里巴巴公司上市前，阿里巴巴集团专门安排了针对现有员工(包括董事)及顾问的股权转换方案。一方面，按照该方案，员工可将持有的集团购股权部分转换为阿里巴巴公司购股权。其中，阿里巴巴公司员工被允许转换比例为50%，集团内其他公司员工转换比例则较低，集团创办人及股东仅可转换不到15%所持股权，马云和谢世煌的可转换比例则不超过5%。
另一方面，员工也可按原阿里巴巴集团购股权的行使价认购集团股份，再由此交换阿里巴巴公司股份。为了使员工有足够资金行使购股权，阿里巴巴公司为非总监级员工提供了有全数追索权的两年期计息贷款；截至换股结束日，阿里巴巴公司贷予员工的贷款本金额约为3030万元。
招股书数据显示，阿里巴巴集团员工(包括董事)及顾问所持股份总数约为4.4亿股，约占全球发售完成时上市公司已发行股份的8.8%。以招股价中间价12.75港元计算，员工持股市值约为56.1亿港元。
在这些持股员工中，阿里巴巴公司董事、员工、集团董事及顾问(不包括上市公司董事)各自拥有的股份(包括购股权和受限制股份单位的相关股份)分别占总发行股数的1.0%、3.2%、4.6%(详见员工持股成分图)。其中，员工(不包括董事)所持股份约为1.585亿股，按4900名人数估计，平均每人持有约3.2万股，以12.75港元招股价计人均财富值为40.8万元。
“我们相信大约有100名员工会因为公司上市而一下非常富有。”路演时，阿里巴巴公司管理层表示，“‘客户第一’和‘团队合作’是我们企业价值观中最根本的两点。在公司里，员工就是我们的客户，公司有今天的成绩，我们非常乐意与他们一起分享成功。”