二、对马云的过度崇拜
可以说，马云本人具有超强演说能力，阿里巴巴员工对马云十分崇拜。崇拜正常，但是一旦这种崇拜超过了一个限度，形成过度崇拜，那么就有可能出问题了。
我们试图提出一些假想问题：离开了马云的阿里巴巴，会是什么样子？
马云何时退休？会像宏基电脑的施振荣那样在六十岁全身而退吗？会像微软的盖茨那样专心自己的研究或者自己的基金会吗？阿里巴巴是依靠组织在运行，还是由马云一个人的力量在推动？
谁来制约马云不妥的言行呢？若干年前的马云谈到B2C和C2C的时候丝毫不心动，在论坛上还试图说服8848创始人王峻涛、谭智相信B2C和C2C没有前途。互联网似乎和马云开了一个玩笑，让他去做自己原先最不看好的事情。不是我不明白，这世界变化快，马云感慨说，主要是形势的变化太快了，他只能与时俱进。既然B2B在中国能够成功，他想在大环境改变的形势下再试试C2C，对于2003年新进入的C2C领域，马云这样解释。
还记得在2006年度渠道大会上，身兼阿里巴巴CEO与雅虎中国总经理的马云鼓动说，“阿里巴巴与雅虎中国将结合各自产品，打造一条产值以1000亿计的上下游产业链，为中小企业提供全方位电子商务服务。同时在未来3年内，将阿里巴巴与雅虎中国打造成为营收过100亿元的企业，为社会创造100万个就业机会。” “不但阿里巴巴与雅虎中国要实现100亿元收入，作为渠道伙伴未来也同样要实现100亿元收入。”而如今，众所周知，雅虎中国并没有走出自己的困境。
再比如，在第四届中国网商大会上，马云宣称阿里巴巴接下来在3到5年内，将斥资100亿用于建设电子商务产业链，以改善外部环境。然而，我们不得而知，这100亿元资金从何而来？现在投入到哪里了？取得了哪些显著的效果？
三、快速扩张中的协同力问题
阿里巴巴在1999年开创了B2B交易平台；2003年通过淘宝网渗透C2C，进而今年推出B2C，随后推出的第三方电子支付方式——支付宝；2005年与雅虎迷雾般地并购，抢占一个新的制高点；2007年先后推出阿里软件、取得香港成功上市、发布阿里妈妈；2008年与英特尔合作推出针对中小企业电子商务的商用电脑，尤其是从6月1日起，中国雅虎和口碑网开始整合，合并成立雅虎口碑公司，公司未来发展重点是基于生活服务的电子商务、社区和通讯等业务。
不可否认，阿里巴巴在快速发展过程中面临着众多问题：
各个分支机构之间如何协同合作？都在做软件开发，如何共享知识？都在做市场开发与客户服务，如何共享客户资源，避免重复投入？
人员突破万人之后，组织结构不断扩大，阿里巴巴组织的官僚化倾向也在逐步形成，如何避免最高战略层被日常事务缠身？如何避免高层领导对新生事物的熟视无睹，导致决策滞后？
特别是，如何保障机构庞大之后，阿里巴巴的文化不被新进人员稀释掉，或者被外来文化同化掉？也许，这种隐忧是阿里巴巴最为致命的毒瘤。